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चार मोहर-ट्रैनेबजॉर्ग सिंड्रोम (एमटीएस) रोगियों में विलोपन विराम बिंदुओं की पहचान और विश्लेषण

पहचाने गए विराम बिंदु

सभी चार मामलों में, प्रवर्धित उत्पादों की उपस्थिति या अनुपस्थिति के लिए क्रमिक पीसीआर परीक्षण के संयोजन द्वारा विलोपन विराम बिंदुओं की पहचान की गई थी। इसके बाद, सफल ब्रेक पॉइंट-फैले पीसीआर (छवि 1) के लिए प्राइमरों के सटीक प्लेसमेंट की अनुमति देने के लिए मेट-जोड़ी अनुक्रमण किया गया था।

आकृति 1

का अवलोकन TIMM8A तथा बीटीके जीन क्षेत्र (hg19 chrX: 100, 561, 900-100, 630, 700) कस्टम ट्रैक के साथ केस 1-4 के हटाए गए क्षेत्रों को दिखाते हुए, लाल क्षैतिज पट्टियों द्वारा चिह्नित। RefSeq जीन ट्रैक नीले रंग में दिखाया गया है, और नीचे दोहराए जाने वाले तत्वों (लंबे टर्मिनल रिपीट एलिमेंट्स (LTRs), छोटे और लंबे इंटरसेप्टर एलिमेंट्स (SINEs और LINEs, क्रमशः)) को रिपीटमास्कर जानकारी के आधार पर दिखाया गया है। चार मामलों में से प्रत्येक के लिए, जंक्शन विलोपन क्षेत्रों में से न्यूनतम एक दोहराए जाने वाले तत्वों के भीतर स्थित था।

मामला एक (एक्सएलए-एमटीएस)

ऑस्ट्रेलियाई पुरुष रोगी, संक्षेप में ट्रैनबजॉर्ग, 2013 में तालिका 1 में रोगी 33 (18 महीने पुराना) के रूप में उल्लेख किया गया है5. चिकित्सकीय रूप से, लड़के ने गहन सुनवाई हानि के साथ प्रस्तुत किया, और कर्णावर्त प्रत्यारोपण (सीआई), साथ ही गंभीर व्यवहार संबंधी असामान्यताएं और एक्सएलए था। 16 साल की उम्र में उन्हें ऑटिज्म स्पेक्ट्रम डिसऑर्डर (लेवल 3) अटेंशन डेफिसिट डिसऑर्डर, डिस्ग्राफिया का पता चला था। उनका स्कूल प्रदर्शन पहले के समय में न्यूनतम समर्थन के साथ सक्षम स्तर से ऊपर था, लेकिन हाल ही में उनके सामाजिक-भावनात्मक विकास में एक पूर्व-विद्यालय बच्चे की तुलना में गिरावट के साथ। उन्हें अलगाव की काफी चिंता थी और नियमित रूप से एक बाल मनोचिकित्सक द्वारा उनका पालन किया जाता था और उनकी मानसिक समस्याओं के लिए दवा दी जाती थी।

नए सिरे से 63.5 kb विलोपन (ChrX: NC_000023.10:g.100564340_100627836del) फैले हुए TIMM8A और एक्सॉन 4-19 of बीटीके की पहचान की गई। प्रारंभ में, विलोपन की पहचान अनुक्रमिक पीसीआर का उपयोग करके की गई थी, जो जीनोमिक क्षेत्रों को के बीच प्रवर्धित करता है TAF7L तथा बीटीके एक्सॉन 1. इसके बाद, मेट जोड़ी अनुक्रमण और अंत में पीसीआर में फैले ब्रेकप्वाइंट का उपयोग विलोपन विराम बिंदुओं को चित्रित करने के लिए किया गया था। दोनों ब्रेकप्वाइंट SINEs (लघु प्रतिच्छेदित तत्व) Alu रिपीट क्षेत्रों में स्थित थे। प्रोबेंड की मां ने रक्त से शुद्ध किए गए डीएनए में विलोपन को परेशान नहीं किया, जो एक डे नोवो मूल का संकेत देता है।

केस 2 (एक्सएलए-एमटीएस)

2000 में पैदा हुए स्कॉटिश पुरुष रोगी, संक्षेप में ट्रानबजॉर्ग, 2013 में तालिका 1 में रोगी 34 के रूप में उल्लेख किया गया है5. चिकित्सकीय रूप से, लड़के ने बहरापन और कुछ व्यवहार संबंधी असामान्यताओं के साथ-साथ XLA को प्रस्तुत किया। 9 वर्ष की आयु में किसी भी दृश्य असामान्यता का वर्णन नहीं किया गया था। 21 साल की उम्र में उन्हें पुरानी फेफड़ों की बीमारी और ब्रोन्किइक्टेसिस और हल्के बौद्धिक अक्षमता के साथ कुछ व्यवहार संबंधी मुद्दों के साथ आक्रामक विस्फोट और स्कूल में अपने साथियों के साथ कठिन संबंध थे। 18 महीने की उम्र में भाषण में देरी को शुरू में बार-बार कान में संक्रमण के लिए जिम्मेदार ठहराया गया था, लेकिन बाद में संवेदी श्रवण हानि का निदान किया गया और श्रवण यंत्रों के साथ इलाज किया गया क्योंकि उन्होंने 6 साल की उम्र तक सीआई होने के मानदंडों को पूरा नहीं किया था, जब उनके पास बाएं तरफा सीआई था। लगभग उसी समय, उन्होंने सांकेतिक भाषा सीखी थी, जिसे वह अपने संचार के तरीके के रूप में पसंद करते हैं। न्यूरोलॉजिकल, डायस्टोनिक और न ही दृश्य समस्याओं का कोई सुझाव नहीं है। वर्तमान स्कूली शिक्षा कॉलेज लर्निंग ट्रेड्समैन स्किल्स में है।

सरणी-सीजीएच के माध्यम से एक 17-19 kb de novo विलोपन intron 1 of . में ब्रेकप्वाइंट के साथ TIMM8A और इंट्रॉन 5 बीटीके पता चला था। हालांकि, एरे-सीजीएच परिणाम के आधार पर पीसीआर में फैले ब्रेकप्वाइंट सफल नहीं थे। तदनुसार, पीसीआर में फैले मेट-पेयर अनुक्रमण और ब्रेकप्वाइंट के माध्यम से, एक बड़ी पुनर्व्यवस्था का पता चला, जिसमें 39.9 kb विलोपन (ChrX: NC_000023.10: g.100580141_100619992del) शामिल था, जिसमें संपूर्ण कोडिंग क्षेत्र शामिल था। TIMM8A और एक्सॉन 6-19 of बीटीके. इसके अलावा, ब्रेकपॉइंट क्षेत्र (छवि 2) में 59 बीपी उलटा सम्मिलन देखा गया था। सम्मिलन एक क्षेत्र के अनुरूप था, chrX: 100, 582, 138–100, 582, 196 के लिए मानचित्रण, जो हटाए गए अनुक्रम के भीतर स्थित था। विलोपन का समीपस्थ विराम बिंदु एक LINE (लंबे अंतःस्थापित तत्व) में स्थित था और दूरस्थ विराम बिंदु SINE में स्थित था। 59 बीपी सम्मिलन के दोनों ब्रेकप्वाइंट एक लाइन के भीतर स्थित थे।

चित्र 2
चित्र 2

1-4 मामले में पहचाने गए ब्रेकप्वाइंट जंक्शन और फ़्लैंकिंग क्षेत्र। (एक) अनुक्रम क्रोमैटोग्राम ऊपर फैले क्षेत्र में पहचाने गए ब्रेकपॉइंट के साथ दिखाए जाते हैं। माइक्रोहोमोलॉजी के क्षेत्रों को केस 1, 3 और 4 के लिए ब्लैक बॉक्स में दिखाया गया है। हालांकि, यह निर्धारित नहीं किया जा सकता है कि अतिव्यापी क्षेत्र का कौन सा छोर वास्तविक विराम बिंदु है। मामले 2 में ब्रेकपॉइंट क्षेत्र में पहचाने गए 59 बीपी उल्टे सम्मिलन को रेखांकित किया गया है। (बी) अपस्ट्रीम और डाउनस्ट्रीम संदर्भ अनुक्रम की तुलना में 1-4 मामले में पहचाने गए ब्रेकपॉइंट जंक्शनों के अनुक्रम। माइक्रोहोमोलॉजी के क्षेत्रों को ग्रे रंग में दिखाया गया है।

केस 3 (एक्सएलए-एमटीएस)

इतालवी पुरुष रोगी, जो पहले 2004 में प्रकाशित हुआ था16, 2 साल की उम्र से गंभीर सुनवाई हानि के साथ चिकित्सकीय रूप से पेश करना, दृश्य तीक्ष्णता में उल्लेखनीय कमी, एक्सएलए, और बाद में जीवन में डायस्टोनिया उपस्थित हो गया। बाद की अनुवर्ती जांच में मां में एक विषम एक्स-निष्क्रियता पैटर्न का पता चला, जिसमें डायस्टोनिया सहित नैदानिक ​​लक्षण भी थे। मूल रिपोर्ट के बाद से मरीज और उसकी मां दोनों की मौत हो चुकी है। Pizzuti et al।, क्रमिक पीसीआर के माध्यम से, यह प्रदर्शित करता है कि विलोपन में के दोनों एक्सॉन शामिल हैं TIMM8A और का आंशिक विलोपन बीटीके (टेलोमेरिक ब्रेकप्वाइंट के बीच स्थित था बीटीके एक्सॉन 7 और 19)16. हमने आगे लगातार पीसीआर परीक्षण किया, जिससे पता चला कि बीटीके एक्सॉन 15 और इंट्रॉन 16 के पहले 788 बीपी बरकरार हैं, जबकि एक्सॉन 16 को बढ़ाया नहीं जा सका। अंत में, पीसीआर में फैले मेट-पेयर अनुक्रमण और ब्रेकप्वाइंट के माध्यम से, 27.2 kb विलोपन (chrX: NC_000023.10: g.100582893_100610076del) जिसमें संपूर्ण कोडिंग क्षेत्र शामिल है TIMM8A और BTK के एक्सॉन 16-19 की पहचान की गई। ब्रेकप्वाइंट दोनों SINE में स्थित थे। विलोपन मातृ विरासत में मिला था, जैसा कि पीसीआर और ब्रेकपॉइंट अनुक्रमण के माध्यम से दर्शाया गया है।

केस 4 (एमटीएस)

डच पुरुष रोगी, जिसका जन्म 1986 में हुआ था, संक्षेप में ट्रनेबजॉर्ग, 2013 में तालिका 1 में रोगी 35 के रूप में उल्लेख किया गया है5. चिकित्सकीय रूप से लड़के को जन्मजात बहरापन, असामान्य वीईपी (दृश्य विकसित क्षमता) प्रतिक्रिया और कम दृश्य तीक्ष्णता, साथ ही प्रगतिशील गतिभंग के साथ प्रस्तुत किया गया। कोई डायस्टोनिया नहीं देखा गया था। क्रमिक पीसीआर के माध्यम से 2.1 kb विलोपन (chrX: NC_000023.10: g.100600271_100602381del) के एक्सॉन 2 में फैला हुआ है TIMM8A की पहचान की गई। विलोपन का टेलोमेरिक भाग SINE में स्थित था। जैसा कि पीसीआर और ब्रेकप्वाइंट सीक्वेंसिंग के माध्यम से प्रमाणित किया गया था, विलोपन मातृ विरासत में मिला था, और मां के प्रभावित भाई ने भी विलोपन किया था। दादी, एक प्रभावित पुत्र और एक वाहक बेटी होने के कारण, एक बाध्य वाहक होना चाहिए; हालांकि, रक्त से शुद्ध किए गए डीएनए के पीसीआर द्वारा विलोपन का पता नहीं लगाया जा सका, जो जर्मलाइन मोज़ेकवाद का सुझाव देता है।

पहचाने गए विराम बिंदुओं का सत्यापन

चार मामलों में से प्रत्येक के लिए ब्रेकप्वाइंट को आधार जोड़ी स्तर के संकल्प पर मान्य किया गया था, और सभी जंक्शनों की पुष्टि सेंगर अनुक्रमण द्वारा की गई थी। केस 1, 3 और 4 में जंक्शनल माइक्रोहोमोलॉजी देखी गई, जिसका आकार 2 से 38 न्यूक्लियोटाइड तक था। केस 2 में जंक्शन क्षेत्र में 59 बीपी उलटा सम्मिलन देखा गया था, जो स्थिति chrX: 100, 582, 138–100, 582, 196 (छवि 2) के अनुरूप है।

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